Hay una serie de islas repartidas por toda la línea de la costa de la ciudad. La más grande y más famosa es la Isla de São Sebastião, que forma parte de la Municipalidad de Ilhabela.
Islas Toque-Toque
Desde el norte hacia el sur, la Isla de Toque-Toque Grande, es la primera después de Ilhabela y está ubicada frente a la playa del mismo nombre, el lugar es visitado para buceo y submarinismo. La cercana isla de Toque-Toque Pequeno (pequeño) es menor y se asemeja a una tortuga en la Playa de Santiago.
Isla de los Alcatraces
Ilhas dos Alcatrazes El archipiélago de Alcatraces está formado por cinco islas mayores, la Isla de los Alcatraces, la Isla Sapata, la Isla Paredón, la Isla Porto (también conocida como la Isla del Farol) y la Isla del Sur, y algunas islas más pequeñas sin nombre. Es la isla más alejada de São Sebastião, está a unos 30 km (18.6 millas) de la punta sur de Ilhabela y a unos 35 km (21,7 millas) de la playa más cercana del continente, Boiçucanga. Varias aves, ballenas y otros animales marinos se detienen allí en diferentes épocas para reproducir. La isla principal fue utilizada por la Marina de Brasil como un punto de ejercicio de tiro al blanco. Como los tiros fueron perjudicando el medio ambiente de la isla (ya sea por el ruido, o debido a los impactos), la Marina de Brasil dejó de utilizarla. Sin embargo, la isla todavía está bajo la responsabilidad de los militares, quienes prohíben la pesca, el buceo y las visitas a la isla, excepto de investigadores.
Isla de los Gatos
Ilha dos Gatos Está ubicada a 1,8 km (1,1 km) de Ponta da Baleia (Punta de la Ballena), una colina entre la playa de Camburi y la playa de la Ballena, es una isla abierta para visitas públicas. Se dice que fue una vez propiedad de una persona asociada a la familia Rockefeller.
Las Islas
As Ilhas Al contrario de lo que su nombre indica, a pesar de ser llamada Las Islas, realmente está formada por una sola isla. Es diferente de las otras islas, porque tiene una playa, que es visitada frecuentemente por turistas provenientes de la cercana Barra do Saí y de las playas de Juqueí, ambas situadas a alrededor de 2,4 km (1,5 millas) de Las Islas.
Isla de los Coles
Ilha dos Couves Situada a 2,4 kilómetros (1,5 millas) de la costa y a apenas 600 m (1.920 pies) al sur de Las Islas, se puede llegar desde la Barra do Sahy, a través de barcos que están a cargo de la cooperativa de pescadores. Esfuerzos de base local están tratando de crear un centro educativo de ecoturismo de vida sostenible
Isla Montón de Trigo
Ilha Montão de Trigo La isla Montón de Trigo se encuentra a 10 km (8,7 km) al sur de la playa más cercana (Barra do Una). El punto más alto de la isla es de 276 m. Durante los últimos tres siglos, había sido habitada permanentemente por las familias de caiçaras (alrededor de 52 lugareños a partir de enero de 2012), recientemente les fue concedido el permiso oficial para ocupar y explotar la isla, que aún pertenece al Gobierno, pero ya no está disponible para cualquier posible futura empresa de proyectos inmobiliarios. El permiso es parte de una serie de medidas adoptadas por el gobierno federal para beneficiar a pequeñas poblaciones tradicionales en todo el país. Los permisos se denominan TAUS - Termo de Autorização de Uso Sustentável (Plazo en Tiempo y Espacio de Autorización de Uso Sostenible). Esta es la primera vez que una población de la isla obtuvo dicho permiso, ya que se les da en su mayoría a personas que viven cerca de ríos en el norte de Brasil. Con los TAUS, los lugareños (caiçaras) podrán exigir mejoras tales como sistemas de agua, el saneamiento básico y viviendas adecuadas. La población local vive con poca infraestructura: no hay electricidad, hay sólo una escuela que enseña hasta el cuarto grado, y un muelle improvisado es lo único en la isla. Ningún médico ha existido en los últimos dos años. Debido a que la mayoría de las bodas se realiza entre miembros de la misma familia, la mayoría de los habitantes tiene el apellido de Oliveira.
